Pelaksanaan otonomi daerah yang telah merubah sistem pemerintah daerah secara signifikan dengan penyerahan kewenangan, lebih mendekatkan pelayanan pemerintah kabupaten/kota pada masyarakat termasuk didalamnya bidang pertanahan. Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 dan Undang-undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang pemerintah daerah pasal 14, menyatakan bahwa pemerintah kabupaten dan kota memperoleh penyerahan wewenang di bidang pertanahan yakni pelayanan pertanahan. Hal tersebut merupakan implementasi pasal 4 UUPA (UU No. 5 Tahun 1960). 64 Pemerintah daearah memiliki wewenang untuk mengatur wilayahnya, hal ini berdasarkan prinsip desentralisasi dan dekonsentrasi. Pada prinsipnya desentralisasi adalah penaatan mekanisme pengelolaan kebijakan dengan wewenang yang lebih besar diberikan kepada daerah agar penyelenggaraan pemerintah dan pelaksanaan pembangunan berjalan lebih efektif dan efisien. Kartasasmita, 1996 (dalam Fanani: 2014).
Dengan demikian dalam pelaksanaan otonomi daerah, walaupun sebagian kewenangan pertanahan telah diserahkan kepada daerah kabupaten/kota, namun keberadaan instansi Badan Pertanahan Nasional (BPN) tetap harus ada. Keberadaan BPN fungsinya untuk memformulasikan administrasi publik pertanahan lokal dengan strandarisasi dan koridor hukum nasional. Institusi daerah berfungsi untuk melaksanakan kebijakan politik pertanahan lokal, yang salah satunya melakukan pengendalian peruntukan pemanfaatan tanah. Pemerintah daerah merupakan organisasi yang sangat besar, bahkan mungkin yang paling besar antara organisasi-organisasi yang ada di daerah. Organisasi yang besar mempuyai pengaruh yang besar terhadap kehidupan masyarakat luas, memperkerjakan jumlah staff yang 66 banayak dan menguasai aset, infrastruktur, dan daya publik dalam jumlah yang besar. Pemerintah daerah juga memiliki kewajiban kepada masyarakat untuk bertanggung jawab dan transparan atas semua kegiatan oprasionalnya. Kegagalan dalam mengelola organisasi yang besar akan memiliki dampak terhadap masyarakat luas. Mempengaruhi banyak karyawan, dan dapat menimbulkan kerugian besar terhadap aset dan dana publik. Kegagalan pengelolaan organisasi pemerintah daerah juga akan dengan segera mengundang perhatian dan penilaian oleh masyarakat dan lembaga publik lainnya (Fanani: 2014).
Tata kelola pada pemerintah daerah adalah prinsip, pendekatan dan cara bagaimana pemerintah daerah menjalankan kegiatannya agar dapat mencapai tujuan dan memenuhi tanggung jawabnya. Dengan governance yang baik pemerintah daerah dapat menghindari kegagalan pengelolaan yang berdampak besar seperti tersebut diatas (Fanani: 2014). 67 Governance mencakup keterkaitan bagaimana pemerintah daerah, perwakilan rakyat (DPRD), organisasi publuk lainnya, dan mitra-mitra yang terkait menjalankan peran dan tanggung jawabnya, dan mencapai tujuan untuk melayani masyarakat dan pemakai layanan secara ekonomis, efisein, efekif dan sesuai kaidah etika yang baik. Good governance mendorong tercapainya manajemen publik yang baik, kinerja pemerintah yang baik, pengelolaan dana publik yang lebih baik, pelibatan partisipasi masyarakat yang lebih baik, dan pada gilirannya mendorong tersediannya hasil dan outcome yang baik bagi warga daerah maupun pemakai layanan pemerintah daerah. CIPFA, 2006 (dalam Fanani: 2014)
 Dalam penyelenggaraan penataan ruang seperti yang terkandung dalam Undang-undang Nomor 26 Tahun 2007 pasal 8, pemerintah memiliki wewenang meliputi (Fanani: 2014):
1. Pengaruh, pembinaan dan pengawasan terhadap pelaksanaan penataan ruang
2. Pelaksanaan penataan ruang wilayah
3. Pelaksanaan penataan ruang kawasan strategis
 4. Kerja sama penataan ruang dan pemfasilitasi kerja sama penataan ruang antar wilayah Pelaksanaan pemanfaaan ruang dengan pengendalian pemanfaatan ruang di kawasan strategi dapat dilaksanakan pemerintah daerah melalui dekonsentrasi dan atau tugas pembantuan.
Dalam rangka penataan ruang pemerintah berwenang menyusun dan menetapkan pedoman dibidang penataan ruang. Pelaksanaan wewenang pemerintah meliputi (Fanani: 2014):
 1. Memperluas informasi yang berkaitan dengan:
a. Rencana umum dan rencana tata ruang dalam rangka pelaksanaan penataan ruang wilayah nasional
b. Arahan peraturan pembagian kawasan untuk sistem nasional yang disusun dengan rangka pengendalian pemanfaatan ruang wilayah nasional
c. Pedoman dibidang penataan ruang
 2. Penerapan strandar pelayanan minimum bidang penataan ruang