Respirasi Mikroba (skripsi dan tesis)

            Mikroorganisme mempunyai sistem respirasi yang banyak jenisnya yang dapat dikarakterisasikan oleh alam melalui reduktan dan oksidan. Dalam kebanyakan kasus respirasi aerobik, akseptor elektronnya adalah molekul oksigen. Respirasi anaerob menggunakan senyawa anorganik atau organik yang teroksidasi sebagai akseptor elektronnya. Respirasi senyawa organik oleh mikroorganisme hampir serupa. Substrat dioksidasi menjadi CO₂ yang diikuti oleh pelepasan sepasang H⁺ dan elektron.
            Konsep metabolisme yang penting lainnya dalam bioremediasi adalah komentabolisme. Komentabolisme dalam arti yang sebenarnya bukan merupakan metabolisme, tetapi adalah transformasi spontan dari suatu senyawa. Enzim yang dihasilkan oleh suatu organisme yang tumbuh suatu substrat juga dapat mentransformasikan substrat lain yang tidak berhubungan dengan produksi energi, asimilasi karbon, atau proses pertumbuhan lainnya dari suatu organisme tersebut. Komentabolisme didefinisikan sebagai degradasi suatu senyawa yang hanya dapat terjadi dengan kehadiran material organik  lain yang bertindak sebagai sumber energi utama (McCarty, 1987). Komentabolisme sangat penting dalam banyak proses transformasi termasuk dari senyawa PAHs (Polynuclear Aromatic Hydrocarbons), alifatik dan aromatik hidrokarbon terhalogenasi serta pestisida.
            Degradasi cenderung membentuk rangkaian reaksi transformasi. Senyawa-senyawa yang menghasilkan energi tertinggi akan didegradasi terlebih dahulu. Jika senyawa sumber energi didegradasi lebih dahulu daripada senyawa yang membutuhkan komentabolisme, seperti PAH, maka degradasi senyawa PAH ini akan dapat terhenti. Sehingga dalam penambahan senyawa sumber energi benar-benar perlu diperhatikan. ( Cookson, 1995).